La Torre de San Sebastián se asienta en el extremo más adentrado en el mar del islote mayor de los que delimitan el lado sur del canal de La Caleta de Cádiz.
Ya Estrabón relata que en estos islotes se levantaba el Krónion (Templo de Kronos), y en época musulmana existía en ese punto una torre atalaya que controlaba los lados oeste y sur de la ciudad, la entrada a la Bahía de Cádiz y, más de cerca, el canal de La Caleta.
En el siglo XV los marineros de un buque veneciano víctimas de la peste se refugiaron en el islote, recibiendo del pueblo gaditano comida y atenciones, en agradecimiento de lo cual en 1457 levantaron junto a la vieja atalaya una ermita bajo la advocación de San Sebastián. A partir de entonces la atalaya se conocería como Torre de San Sebastián. Tras el saqueo inglés de 1596 se ve necesaria la construcción de una fortificación en el saliente del otro lado de La Caleta, el que delimita el lado norte del canal. Sería éste el Castillo de Santa Catalina, con planta en forma de estrella de cinco puntas, que en 1600 estaba listo para repeler con su artillería cualquier intento de desembarco en La Caleta.
Poco después, en 1613, y como parte del plan de establecimiento de almenaras a lo largo de toda la costa española, se reconstruye la torre atalaya de San Sebastián bajo la dirección de Juan de la Fuente Hurtado. De la red de torres almenara de la época eran sus enlaces ópticos la torre de la Almadraba en Rota y la de Santa Catalina en el Puerto de Santa María, al norte, y hacia el sur la torre de Hércules o de Torregorda en el istmo que une Cádiz con San Fernando y la del islote de Sancti Petri. Posteriormente se instala en su terrado una pequeña linterna para guía de los barcos que se aproximen a la ciudad.
En 1621 se completa el frente abaluartado de La Caleta, y en 1706, casi un siglo después de la construcción del castillo de Santa Catalina, se inician las obras del castillo de San Sebastián en el islote más pequeño y más cercano a la costa de los del lado sur del canal. Es éste de planta irregular con nueve lados, parapetos y cañoneras. Dos fosos de agua con sendos puentes levadizos (a la entrada y comunicando ambos islotes) completaban su sistema de defensa.
En 1713 el castillo de San Sebastián está listo y artillado, cruzando sus fuegos con los baluartes de la Muralla del Vendaval y controlando la entrada de La Caleta y el canalizo sur de la Bahía. La torre de San Sebastián pasó a denominarse entonces Faro del Castillo de San Sebastián. En 1724 el islote de la torre (excepto el lado opuesto a La Caleta, más abrupto) estaba rodeado con un parapeto con cañoneras dispersas para impedir un posible desembarco en él.
El 31 de octubre de 1766 se autorizaba la modificación de la torre o faro de San Sebastián, consistente básicamente en doblar su altura y dotarla de un fanal o linterna más potente (diseñado para alojar entre cuarenta y cincuenta lámparas), conforme al proyecto del Ingeniero Director del Ejército Antonio de Gaver. Dos años después se remataba su modificación con la ejecución de la armadura de la linterna.
En 1770 el parapeto del islote rodea todo su perímetro y se construye el malecón que une el islote en el que se asienta el castillo de San Sebastián con la nueva puerta de La Caleta (abierta junto al Baluarte del Orejón en 1748), por lo que el castillo permanece desde entonces unido permanentemente a tierra no quedando aislado en la pleamar. En 1818 se utiliza experimentalmente en el faro de San Sebastián gas hidrógeno, extraído del carbón de piedra, como carburante para su luminaria.
Entre 1860 y 1863, se fortifica el parapeto del islote con baterías acasamatadas que le dan a la llamada Avanzada de Isabel II o de Santa Isabel el aspecto definitivo con el que ha llegado a nuestros días.
En 1898, durante la guerra Hispano-Norteamericana, el Duque de Nájera, Gobernador Militar de Cádiz, consideró que la torre podía ser punto de referencia para un posible ataque americano, ordenando el derribo de toda la obra superior que sobresaliera por encima de la altura de la batería acasamatada que lo rodeaba. Se salva pues de esta intervención aproximadamente su tercio inferior, que es lo que hoy podemos ver de la torre de San Sebastián.
Una década después, en 1908, se iniciaría la construcción, 70 metros más adentro del islote, del nuevo faro (diseñado por Rafael de la Cerda, de estructura metálica y con 41 m de altura; el segundo eléctrico de España), que desde su finalización en 1913 ha orientado a los navegantes que se acercan a Cádiz.
Entre 1613, fecha de la reconstrucción de la antigua torre atalaya musulmana con piedra ostionera autóctona, y 1766 (fecha en la que se inicia su remodelación) el perfil de la torre de San Sebastián fue levemente troncocónico, contando con unos 15 metros de altura y otros tantos de diámetro en su base, y un gran espacio abovedado en su interior dividido en tres estancias por entablados de madera. Asentada en una superficie rocosa, su base era maciza y una escalera y una rampa curva adosada al lado exterior permitían acceder a la entrada, a unos 3 metros de altura, que daba paso al piso inferior. Desde la entrada se subía también al primer piso y desde ahí, mediante escalera de caracol embutida en sus paredes se accedía por una garita rematada en una pequeña cúpula al terrado, en el que se terminó instalando una pequeña linterna a modo de faro. Contaba con un vano sobre la puerta y otro a la altura del segundo piso que daba al hueco de la escalera de caracol. El terrado era apretilado con cuatro aberturas abocinadas enfrentadas dos a dos y una pequeña ladronera sobre la vertical de la puerta de acceso.
Entre 1768, fecha de finalización de su remodelación, y 1898 su altura es de unos 30 metros. La escalera de caracol, de mayor diámetro, llega ahora desde el piso inferior hasta su nuevo terrado en cuyo centro un fanal o linterna más potente que el anterior aloja entre cuarenta y cincuenta lámparas. A la altura de lo que fuera el antiguo terrado se prevé mantener la ladronera, pero en fotos de finales del siglo XX no aparece. La torre presenta cinco vanos más: cuatro dando al hueco de la escalera de caracol (uno a la altura del primer piso, otro a la altura del antiguo terrado y los otros dos por encima a alturas equidistantes) y el quinto a mitad de altura de la nueva obra sobre la vertical de la puerta de acceso principal. El pretil del nuevo terrado es ahora corrido, sin ninguna abertura.
En 1898, durante la guerra Hispano-Norteamericana, sufre un desmochamiento preventivo, viéndose reducida su altura a unos 9 metros. Este es el aspecto que muestra hoy en día. La escalera de acceso también ha desaparecido y el acceso a la entrada se realiza mediante una ancha rampa enfrentada a ésta.
Lo que se salvó del desmochamiento preventivo de 1898 (la base de la Torre hasta aproximadamente la tercera parte de su altura) se encuentra en un estado de conservación aceptable. Actualmente, tras la restauración acometida entre 2011 y 2012 en todo el conjunto de la Avanzada de Santa Isabel (actuación en la que se le despojó de elementos que la ahogaban), pueden apreciarse tanto su estructura como sus detalles constructivos.
Es de acceso libre, una vez desmilitarizado el conjunto del que forma parte, aunque en la actualidad (2012) éste se encuentra en proceso de restauración.
Está protegido por la declaración genérica del Decreto de 22 de abril de 1949 sobre la protección de los castillos españoles (BOE núm. 125, de 5 de mayo de 1949) y por la Ley 16/1985, de 25 de junio, de Patrimonio Histórico Español (BOE núm. 155, de 29 de junio de 1985).
MonumentalNet agradece la colaboración de Luis Carlos Gargallo Martínez